Struktura Organizacji

Chociaż informacje o bieżącej strukturze Al.-Kaidy są nieznane, jednakże dzięki informacjom dostarczonym przez Jamala Al.-Fadla, amerykańskie władze nakreśliły przybliżony schemat jak Al.-Kaida jest zorganizowana. Chociaż informacje posiadane od Al.-Fadla są ciągle weryfikowane, a jego motywacja do składania zeznań jest kwestionowana, mimo to amerykański wywiad bazuje w dużym stopniu na temat wiedzy o strukturze Al.-Kaidy na podstawie jego zeznań. Bin Laden jest emirem i jest szefem głównym (seniorem) kierownictwa operacyjnego Al.-Kaidy (choć oficjalnie ta rolę pełni Abu Ayyoub Al.-Iraqi), wspieranej przez Komisję Shury, która składa się z najwyżej postawionych członków Al.-Kaidy, w skład której wchodzi szacunkowo - wg. Informacji podawanych przez Zachód, około 20-30 osób. Ayman Al.-Zawahiri jest wiceprzewodniczącym operacyjnym Al.-Kaidy, a Abu Ayyub Al.-Masri jest prawdopodobnie szefem Al.-Kaidy w Iraku.

• Wydział Militarny jest odpowiedzialny za trenowanie członków Al.-Kaidy, zakup broni oraz za planowanie ataków
• Wydział Finansowo-Biznesowy odpowiada za biznesowe działania. Dział podróży dostarcza bilety lotnicze i sfałszowane paszporty. Dział kadr wypłaca pieniądze członkom Al.-Kaidy, a dział zarządzania nadzoruje dochodowe interesy. W raporcie amerykańskiej Komisji do Zbadania Okoliczności Zamachów z 11 września, podkreślane jest, że Al.-Kaida na powyższe działania potrzebuje rocznie średnio około 30 mln dolarów.
• Wydział Prawa stoi na straży przestrzegania prawa islamskiego i decyduje o przeprowadzaniu spektakularnych akcji mających na celu przestrzeganie prawa.
• Wydział Nauk Islamskich i Fatwy wydaje religijne edykty, jak np. fatwa z 1998 roku, w którym wzywa muzułmanów do zabijania Amerykanów.
• Pod koniec lat 90. rozgłosu nabrał Wydział Medialny Al.-Kaidy, który wydawał nie istniejącą już gazetę „Nashrat aal Alhbar” i z sukcesami zajmował się public relations. Obecnie sądzi się, że działania medialne są mało znaczącą częścią organizacji.

Liczba osób należących do organizacji jest również nieznana. Według kontrowersyjnego filmu dokumentalnego BBC „The Power of Nightmares”, Al.-Kaida jest luźno powiązana organizacją, działającą często z dala od wpływów Osamy Bin Ladena, oraz małą kliką skrytych członków organizacji. Brak przekonywających informacji o liczbie osób należących do organizacji, mimo, że w dokumencie BBC dosyć spora liczba osób aresztowanych za działalność terrorystyczną jest podkreślana, jest powodem budzącym wątpliwości czy powszechnie rozpowszechnione informacje opisujące Al.-Kaidę oddają faktycznie rzeczywistą strukturę Al.-Kaidy. Zasięg i natura Al.-Kaidy jest powodem, który dostarcza tematów do dyskusji. Od czasu zamachów bombowych na ambasady amerykańskie w Kenii i Tanzanii odnotowano znaczący rozwój organizacji, jednak podstawowa struktura rady konsultacyjnej i czterech komitetów pozostała nienaruszona. Liczebność Al-Kaidy szacowana była na 3000 – 5000 mężczyzn, z których większość walczyła w Afganistanie u boku talibów przeciwko Sojuszowi Północnemu. Ludzi tych określano mianem Brygady 055. Dysponowała ona obozami w Khost, Mahavia, Kabulu, Dżalalabadzie, Kunarze, Kandaharze oraz magazynami w Tora Bora i Liza. Bin Laden werbował do swojej organizacji przede wszystkim osoby z dużym doświadczeniem wojskowym. Komórki operacyjne i wsparcia, podległe Al-Kaidzie zostały rozpoznane i zneutralizowane we Włoszech, Niemczech, Wielkiej Brytanii, Kanadzie, USA, Tanzanii, Kenii, Jemenie i Albanii, ale w ich miejsce utworzono nowe. Wykryto je także w prawie 50 innych krajach, w tym: w Somalii, Erytrei, Sudanie i na Filipinach. Operacyjne komórki Al-Kaidy składały się z komandosów działających pod kierunkiem Mohammada Atefa, alias Abu Hafs. Byli to głównie ludzie gotowi do akcji samobójczych. Organizacja posiadała także służbę bezpieczeństwa, na czele której stał Mohammad Mousa.